1生物醫學期刊科研數據政策研究葉文生澳門大學圖書館 摘要期刊科研數據服務是學術圖書館未來的具潛力的服務項目,本研究探討了主要生物醫學期刊科研數據政策的內容要素,以作為圖書館生物醫學科研數據服務的規劃依據。本研究從JCR中選取期刊影響因子(Impact Factor)最高的前30種生物醫學期刊的科研數據政策進行調研,並選取了期刊科研數據政策較為完整及清晰的5所生物醫學期刊出版商Nature Publishing Group(NPG)、 Springer Nature、Cell Press、Elsevier及American Physiology Society (APS)的期刊科研數據政策,再利用Journal Research Data Policy Bank(JoRD)的《期刊科研數據政策模型框架》(Journal Research Data Policy Model Framework)對選取的期刊科研數據政策進行內容分析,歸納出生物醫學期刊科研數據政策的內容要素共10項。關鍵字:生物醫學期刊;期刊科研數據政策;期刊科研數據服務A Study on the Research Data Policies of Biomedical JournalsIp Man SangUniversity of Macau LibraryAbstractJournal Research Data Service is an emerging service for academic libraries. As the basis for the planning and development of the service, this research explores the key elements of the research data policies
2for major biomedical journals. 30 biomedical journals with the highest impact factors in JCR were selected and investigated, and the research data policies from 5 biomedical journal publishers, including Nature Publishing Group (NPG), Springer Nature, Cell Press, Elsevier and American Physiology Society (APS), were selected for further content analysis. Through the Journal Research Data Policy Model Framework developed by Journal Research Data Policy Bank, this research summed up 10 key elements of the biomedical journal research data policies.Keywords: Biomedical Journals; Journal Research Data Policies; Journal Research Data Services 引言科研數據(Research Data)又稱為科學數據(Scientific Data),是科研成果的重要組成部分,科學研究需要「科學理論」和「科學證據」的相互支持,而「科學證據」通常是指的就是科研數據。構成科研數據的明確概念會因學科領域的差異而有所不同。廣義來說,科研數據是指為了驗證科研發現所進行的觀察或實驗當中所產生的結果,其包括原始數據及經處理的數據檔案、軟件、程式碼、模型、演算法、實驗作業準則、方法及其他與科研專案相關的有用數據。但科研數據不包括論文稿件(manuscript)中的文字或已發表論文中的表格、數據或其他材料1。在數位化科研(e-Research)時代,科學的進步多依賴科研數據的共享與再利用。與此同時,科研數據的品質亦決定了科研成敗,若科研人員使用錯誤或不合符規範的科研數據或實驗材料,將會導致科研成果無法被重製,造成巨大的科研人力、時間及經費上1 Elsevier. What is Research Data?[EB/OL]. [2017-02-12]. https://www.elsevier.com/authors/journal-authors/research-data.
3生物醫學期刊科研數據政策研究的浪費。近年許多生物醫學期刊相繼發現許多其刊登論文中的科研成果不能被重製,而造成科研成果不能被重製的主要原因可歸納為:使用不合符標準的數據及材料、數據分析方法不正確、數據的彙報不全面、以及數據及材料欠缺相關的背景信息。為了確保研究的可重製性(reproducibility),許多權威的生物醫學期刊都已制定了科研數據存繳及共享的政策,要求科研人員按照規範的格式存繳與論文理據及結論相關的指定類型數據及材料,並須不帶有不合理的條件下公開分享,以利其他科研人員能驗證及重製科研成果。期刊科研數據政策的目的是要規範科研人員對科研數據的管理,以便提交符合期刊規範的科研數據,最終達至驗證及重製科研成果。期刊科研數據政策可視為科研數據管理的操作手冊,但是期刊科研數據政策的不足之處是零散、欠缺針對整體數據生命週期的規劃管理,而學術圖書館的科研數據管理服務,正是根據數據生命週期來規劃的,是全週期的數據管理,這正正填補了期刊科研數據政策的不足。從另一方面來看,期刊科研數據政策的好處是學科針對性強、細節操作性高,這兩點正是學術圖書館科研數據服務的不足之處。雖然國內多所學術圖書館都有提供科研數據服務,但這些服務大部份都是整體性的,欠缺學科針對性,由於管理的數據類型過於廣泛,很多學科專業細節的數據管理服務未能兼顧,因此細節操作性並不高。由上述論點觀之,期刊科研數據政策的研究與學術圖書館科研數據服務的研究成互補之勢,很有研究 價值。我國近年投入大量經費於生物醫學的科研發展,根據2014年New England Journal of Medicine刊登的研究報告《亞洲的上升:生物醫學研發經費支出的全球趨勢》(Asia’s Ascent — Global Trends in Biomedical R&D Expenditures)2,指出從2007年至2012年五年間,中國在生物醫學的研發經費支出由20億美元上升至超過84億美元,上升了313%,複合年均增長率為32.8%,在調查的國家及地2 Chakma J, Sun G H, Steinberg J D等. Asia’s Ascent — Global Trends in Biomedical R&D Expenditures[J]. New England Journal of Medicine, 2014, 370(1): 3-6
4區(加拿大、美國、歐洲、台灣、日本、印度、澳洲、新加坡、南韓、中國)當中是上升速率最快的國家。而中國在生物醫學研發經費支出所佔全球的百分比,由2007年的1.7%上升至2012年的 4.9%。Conte等在2017年發表的研究3指出,2015年中國投入在生物醫學的科研經費約373億美元,在全球國家中僅次於美國美國的497億美元。而Nature於2018年1月17日刊登的文章4則指出中國的生物醫學技術已迎來爆炸式的發展。2018年1月23日,由國家主席習近平主持的中央全面深化改革領導小組第二次會議審議並通過了《科學數據管理辦法》,會議強調要加強和規範科學數據管理,要適應大數據發展形勢,積極推進科學數據資源開發利用和開放共享,加強重要數據基礎設施安全保護,依法確定數據安全等級和開放條件,建立數據共享和對外交流的安全審查機制,為政府決策、公共安全、國防建設、科學研究提供有力支撐5。《科學數據管理辦法》的實施,將極大地推動我國各領域科學數據之間、科學數據與其他領域數據之間的流動與融合,促進各類大數據創新應用。中國工程院院士潘雲鶴曾指出,科技大數據、城市大數據、行業與企業大數據是最重要的大數據,巨量數據聚集在一起會產生非常重要的新知識;如果做好不同數據的互通,貢獻很大6。《科學數據管理辦法》的實施,標誌著我國對科研數據管理已邁向新的里程碑,加上我國生物醫學科研的迅速發展,可以預期生物醫學科研數據服務是我國學術圖書館未來極具發展潛力的服務,因此有需更進一步探討及拓展生物醫學科研數據服務的內容。本研究的目的,正是通過對權威生物醫學期刊科研數據政策內容要素的3 CONTE M L, LIU J, SCHNELL S等. Globalization and changing trends of biomedical research output[J]. JCI Insight, 2017, 2(12).4 Ellis S. Biotech booms in China[EB/OL]. Nature, [2018-01-17]. https://www.nature.com/articles/d41586-018-00542-3..5 習近平主持召開中央全面深化改革領導小組第二次會議 [EB/OL].澎湃新聞,[2018-01-23]. http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1964590.6 中央深改組審議通過《科學數據管理辦法》[EB/OL].[2018-01-24]. http://www.sohu.com/a/218719508_398084.
5生物醫學期刊科研數據政策研究探索,探討學術圖書館如何根據生物醫學期刊科研數據政策的要求,作為生物醫學科研數據服務的規劃參考。1. 生物醫學期刊科研數據政策概述生物醫學期刊科研數據政策通常是指期刊及(或)其所屬出版機構針對期刊論文稿件的科研數據及材料所制定的管理指引、說明、標準規範及處理流程,其目的是促進科研數據的共享、推進科研數據再利用,進而確保科研成果的可重製性。要探討生物醫學期刊的科研數據政策,我們必須首先瞭解生物醫學科研數據的特質以及生物醫學期刊科研數據政策的實施背景。1.1 生物醫學科研數據概述生物醫學主要是對人體細胞、器官及系統功能的研究,尤其是瞭解人類疾病的治療的研究7。生物醫學涉及多個學科領域,包括:生物化學、微生物學、藥理學、細胞及分子生物學、解剖學、生理學、傳染病學及神經科學8。在20世紀後期,生物醫學出現了飛躍式的發展,以基因測序、基因組學、蛋白質組學和生物信息學為代表的技術加快了生物醫學領域數據的產生速度9。生物醫學研究所需要的及產出的科研數據多種多樣,主要數據類型包括:蛋白質序列(Protein sequences)、去氧核糖核酸及核糖核酸序列(DNA and RNA sequences)、分子結構(molecular structure)、微陣列數據(microarray data)和晶體數據(crystallographic data)。生物醫學科研數據數據的特點是種類繁多、更新度快、重製困難度高,有些數據(如:基因數據)由於觀測、實驗、時間、設備等條件的限制難以重製,對生物醫學科研人員帶來了數據管理的需求和挑戰。7 University of Oxford. Biomedical Sciences[EB/OL].[2017-02-02]. https://www.ox.ac.uk/admissions/undergraduate/courses-listing/biomedical-sciences?wssl=1.8 Latrobe University. Biomedical science[EB/OL]. [2017-02-02]. http://www.latrobe.edu.au/courses/biomedical-science.9 陳鵬. 生命科學信息的公共獲取[J].中華醫學圖書情報雜誌, 2014(1): 12-14.
61.2 生物醫學期刊科研數據政策的實施背景學術期刊源自18世紀由英國皇家學會(Royal Society)等學術社群發展出來的通訊(letters),通訊是早期科學家之間溝通科研成果的主要途徑。早期的期刊論文中,科研成果中的「科學論述」和「科學證據」兩大部分皆會被同時刊載。然而,隨著科研發展的迅速擴展,許多「科學證據」(泛指科研數據)不得不被省略,主要原因是紙本期刊難以刊載所有支持論文的數據10。這種情況在生物醫學期刊更為常見,主要原因是生物醫學的實驗材料及科研數 據(如:基因組序列、微陣列數據)因論文篇幅有限難以全部刊載於紙本論文。後來隨著互聯網及電子期刊的興起,論文中的數據可以超連結的方式在互聯網上獲取,許多學術期刊及其出版機構開始越來越重視論文稿件中的科研數據。近年許多生物醫學論文被揭發其論文中的科研成果不能被重製,Wadman11指出在生物醫學研究中,有許多研究是不能被重製的(irreproducible);如2011年,德國藥廠Bayer HealthCare of Leverkusen的內部調查發現,在67項內部臨床前研究(preclinical research)中,約有三分之二無法被驗證;2012年,美國Amgen藥廠嘗試重製53篇重要癌症論文的研究結果,但有89%的研究結果無法被重製。Freedman等12綜合分析多項研究,估計不能被重製的臨床前研究佔整體比率超過50%,並指出美國科學家每年耗費約280億美元用於不能被重製的臨床前研究上,而造成科研成果不可被重製的主要原因是研究使用的生物試劑(biological reagents)及參考材料(reference materials)(佔36.1%),其次為研究的設計(佔 27.6%)、數據分析及彙報說明(佔25.5%)及實驗室作業準則10 顧立平. 科學數據權益分析的基本框架[J].圖書情報知識, 2014(1): 34-51.11 Wadman M. NIH mulls rules for validating key results[J]. Nature, 2013, 500(7460): 14-16.12 Freedman L P, Cockburn I M, Simcoe T S等. The Economics of Reproducibility in Preclinical Research[J]. PLOS Biology, Public Library of Science, 2015, 13(6): e1002165.
7生物醫學期刊科研數據政策研究(laboratory protocols)(佔10.8%)。Begley13的研究也有相似的發現,指出導致科研不可被重製的原因包括不恰當的使用關鍵試劑、欠缺正負控制、不正確地使用統計、以致未能重製實驗。綜合上述這些原因的本質來看,導致研究不能被重製的主要原因是使用的不合符標準的材料,以及欠缺相關數據及材料的背景信息,數據分析方法不正確,數據彙報不完整等,導致在重製研究時,因未能使用相同數據及材料,導致未能重製科研結果。2016年,Baker14的調查報告指出,在受訪的1,576個科學家當中,超過70%表示未能重製其他科學者的實驗,亦有超過半數科學家表示未能重製自己的實驗;在生物學領域受訪科學家中,有超過70%表示未能重製其他人的實驗,亦有60%表示未能重製自己的實驗;在醫學領域的情況也相近,有將近70%受訪科學家表示未能重製其他科研人員的實驗,亦有超過50%表示未能重製自己的實驗;此外,在全部受訪的科學家中,有52%認為科研的可重製性面臨顯著的危機。同年,Iqbal等15的研究分析了2000年至2014年間發表的441篇生物醫學期刊論文,發現只有一篇提供完整的作業準則(protocol),而且所有論文皆沒有直接提供完整的原始數據。此外,這些論文多數未交代科研經費的來源,也未說明是否有利益衝突。同年,Holman等16的研究整合分析了數百份已發表的中風與癌症報告,發現多數報告信息不足,未彙報實驗中用到多少動物,以致研究結果無法被重製。PLOS Biology因而發表社論17,指出「可13 Begley C G. Reproducibility: Six red flags for suspect work[J]. Nature, 2013, 497(7450): 433-434.14 Baker M. 1,500 scientists lift the lid on reproducibility[J]. Nature, 2016, 533(7604): 452–454.15 Iqbal S A, Wallach J D, Khoury M J等. Reproducible Research Practices and Transparency across the Biomedical Literature[J]. PLOS Biology, 2016, 14(1): e1002333.16 Holman C, Piper S K, Grittner U等. Where Have All the Rodents Gone? The Effects of Attrition in Experimental Research on Cancer and Stroke[J]. PLOS Biology, 2016, 14(1): e1002331.17 Kousta S, Ferguson C, Ganley E. Meta-Research: Broadening the Scope of PLOS Biology[J]. PLOS Biology, 2016, 14(1): e1002334.
8信度危機」(credibility crisis)正在破壞科學研究,並為此設立專門的整合研究部門(Meta-Research Section)來驗證及評估研究。此外,Nature旗下Scientific Data期刊刊登的評論文章18也指出很多科研人員不能有效獲得已經發表的科研數據,這使得科研投資無法得到最大回報。為此,在2014年荷蘭萊頓舉辦的一次討論會上,包括學術界、產業界、科研資助機構和學術出版社在內的各相關領域人士聚集在一起,共同設計並認可了一套簡潔且可衡量的數據管理原則——FAIR數據原則,其目的是為提升數據可重複利用性提供指導。而FAIR分別指Findable(可被發現的)、Accessible(可被取用的)、Interoperable(可被解釋的)及Reusable(可被重複使用 的)。FAIR原則在支援個人重複利用數據的基礎上,還側重於提升機器自動搜索與使用數據的能力。許多生物醫學期刊(如:Nature Cell Biology19、Nature Chemical Biology20、Nature Biotechnology21、Nature22等)的社論及評論文章,早已表達對期刊論文科研數據及材料的關注,尤其科研人員經常不提供科研數據及材料的詳細信息。Nature於2015年10月新增設一新專欄名為《不能重製的研究帶來的挑戰》(Challenges in irreproducible research)23,表明不能重製的研究帶來的警號已越來越強,所有期刊、科學家、科研機構及科研經費資助機構都正在著手處理研究的可重製性。為了應對《不能重製的研究帶來的挑 戰》,許多權威的生物醫學期刊已制定相關的科研數據政策。學術期刊是科學研究發表的重要途徑,亦是科研品質的主要監督者,為了應對「不能重製的研究」帶來的挑戰,許多權威的生物醫學18 Wilkinson M D, Dumontier M, Aalbersberg Ij J等. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship[J]. Scientific Data, 2016, 3: 160018.19 Sharing data[J]. Nature Cell Biology, 2009, 11(11): 1273-1273.20 Data shown[J]. Nature Chemical Biology, 2008, 4(10): 575-575.21 Credit where credit is overdue[J]. Nature Biotechnology, 2009, 27(7): 579-579.22 Schofield P N, Bubela T, Weaver T etc. Post-publication sharing of data and tools[J].Nature, 2009, 461(7261): 171-173.23 Nature. Challenges in irreproducible research[EB/OL]. [2017-02-07]. http://www.nature.com/news/reproducibility-1.17552
9生物醫學期刊科研數據政策研究期刊都已制定了科研數據存繳及共享的政策,要求科研人員必須存繳與論文理據及結論相關的必要科研數據及材料,並須不帶有不合理的條件下公開分享數據及材料,以讓其他科研人員能驗證及重製科研成果。另一方面,生物醫學期刊實施科研數據政策,不但促進科研成果的可信度、可重製性及數據再利用,更能提升期刊本身的聲譽,這促使很多重要的學術期刊都積極推動科研數據政策的實施。目前,權威的生物醫學期刊如Nature24、Cell 25、 Science26、Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) 27等都已制定科研數據存繳及共享政策。1.3 生物醫學期刊科研數據政策的實施概況自然科學、醫學及工程學期刊實施科研數據政策的時間較早,McCain28於1995年對850種自然科學、醫學及工程學期刊進行調研,發現其中132種(15.3%)期刊在「作者指引」(instruction to authors)中至少有其中一項條款是關於數據的儲存及(或)共享。美國國家科學院(National Academy of Sciences,NAS)於2003年對最常被引用的56種生命科學及臨床醫學期刊進行調研,發現41%的期刊有儲存科研數據的政策,39%的期刊有共享科研數據(或材料)的政策29。24 Nature. Availability of data, material and methods[EB/OL]. [2017-02-02]. http://www.nature.com/authors/policies/availability.html.25 Cell. Information for Authors[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.cell.com/cell/authors.26 Science. Editorial policies[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.sciencemag.org/authors/science-editorial-policies.27 PNAS. Editorial Policies[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.pnas.org/site/authors/editorialpolicies.xhtml.28 McCain K W. Mandating Sharing: Journal Policies in the Natural Sciences[J].Science Communication, 1995, 16(4): 403-431.29 NAS. Sharing Publication-Related Data and Materials[G]//Washington, D.C.: National Academies Press, 2003: 33.
10PLOS ONE是較早制定並實行標準化科研數據政策的期刊之一,早在2008年制定了數據共享政策30,要求研究人員在發表論文時,提交相關的附加數據,並建議將數據保存在公開及認可的機構數據庫或數據典藏庫(如GenBank、Dryad)中,或作為發表論文的支持檔案31。當前,主要的生物醫學期刊都已經制定了與數據開放、數據共享和數據利用相關的政策。The American Naturalist、 Biological Journal of the Linnean Society 、 British Medical Journal (BMJ)、Genetics、PLOS ONE、Science、Systematic Biology、ZooKeys等生物醫學期刊都要求作者提交數據。一些權威的生物醫學期刊更將數據開放與共享作為論文發表的必要條件,例如:The Lancet要求實證研究的作者在發表論文時,必須提交數據、實驗室作業準則、電腦代碼、相關檔案的電子副本到該期刊論文發表的線上數據歸檔中心,並將這些要求視為出版的必要條 件32。Nature和Science也有要求作者將使用的數據和代碼公開的政策要求。BMJ自2009年以來就鼓勵作者共享他們的數據,並要求在BMJ上發表論文必須將數據集發佈在Dryad數據典藏庫。BMJ 期刊現在又要求作者簽署數據共享聲明,解釋他們論文中數據(包括附件材料和完整的數據集)的索取途徑及方法,而共享的方式包括在得到請求時進行共享、線上通過密碼進行共享或者公佈在網站上進行共享。此外,BMJ 將藥物和醫療設備試驗數據將被視為出版物,作者須承諾在合理要求情況下提供不帶有病人私隱信息的數 據33。BMC Evolutionary Biology於2009年在論文出版政策中規定作者須提交文章中所描述的材料(包括所有相關的原始數據),並承諾將免費提供給科研人員用於非商業目的研究,不過並未要求對數30 陳全平. 學術期刊科研數據政策及相關研究[J]. 圖書與情報, 2015(5): 9-15.31 PLOS ONE. Data Availability[EB/OL]. [2017-02-13]. http://journals.plos.org/plosone/s/data-availability.32 王卷樂, 祝俊祥, 楊雅萍等. 國外科技計畫專案數據匯交政策及對我國的啟示[J].中國科技資源導刊, 2013(2): 17-23.33 Hrynaszkiewicz I. Data sharing: issues and available guidance[EB/OL]. EQUATOR Network Seminar, 2011. (2011)[2017-02-12]. http://www.equator-network.org/wp-content/uploads/2011/10/Data-sharing.pdf.
11生物醫學期刊科研數據政策研究據進行網路存儲34。Evolution期刊於2010年要求在進化和生態學期刊上發表的文章都必須將科研數據存放在公開的數位檔案中心35。在生物醫學期刊出版商方面,Nature Publishing Group(NPG)自2013年5月起要求所有生命科學領域需要外審(external review)論文的作者必須在其論文中包含關於實驗及分析設計的指定要點的相關細節36,目的是提高論文的透明度及可重製性。在同行評審(peer review)時,作者必須按相關檢查清單37的要求,確保這些要點包含在其論文稿件中38。檢查清單的主要內容包括:圖表說明、統計及方法說明、試劑說明、動物模型說明、涉及人類主題的相關信息。2016年9月,NPG宣佈自當月起,所有Nature以及旗下以Nature為首字的12種期刊所接納發表的論文都要包含是否可以及如何能取得相關科研數據信息的聲明(數據可獲取聲明,Data Availability Statement)。這聲明須彙報「最小數據集」(minimal data set)的可提獲取性,「最小數據集」是用來解釋、重製及創建論文中的發現。此外,公開數據存儲亦是一項強制要求,數據可獲取聲明需包括被公開存儲的數據集(指在研究中被分析或產生的數據集)的細節。若數據的取得設有限制(例如:數據包含隱私或數據被合作廠商控制),作者需要在聲明中清楚解釋。NPG建議作者引用有DOI的數據集,並在數據可獲取聲明必須包含論文數據的永久連結以確保公開數據可獲取。NPG這項政策是遵循NPG上級公司34 黃永文, 張建勇, 黃金霞等. 國外開放科學數據研究綜述[J]. 現代圖書情報技術, 2013(5): 21-27.35 Rausher M D, McPeek M A, Moore A J etc. DATA ARCHIVING[J]. Evolution, 2010, 64(3): 603-604.36 NPG. Reporting Life Sciences Research[EB/OL]. [2017-02-07]. http://www.nature.com/authors/policies/reporting.pdf.37 NPG. Reporting Checklist For Life Sciences Articles[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.nature.com/authors/policies/checklist.pdf.38 NPG. Availability of data, material and methods[EB/OL]. [2017-02-02]. http://www.nature.com/authors/policies/availability.html.
12Springer Nature於2016年6月啟動的計畫39,這項計畫制定一個清晰的數據政策通用框架40。2016年12月,多間出版商Nature Research,Springer,BioMed及Palgrave Macmilla合共已有超過600種期刊已參與Springer Nautre的最新的科研數據政策41,以鼓勵數據的共享、存儲及引用。政策的全文已在Creative Commons Attribution(CC BY 4.0)的許可下提供,使政策可以被更廣泛的科研社群再使用。Springer Nature表示參與此計畫的期刊數量正不斷上升,現正與廣大的持分者一起合作促使科研經費支持機構、院校、數據典藏庫、學會及其他出版商接納此計畫並協調的他們的數據政策。Springer Nature科研數據政策的主要目的是鼓勵發表更開放及可被重製的研究,以及增加科研及數據分享的成長及創新,以至透過標準化的政策,以及改善對作者、期刊編輯及同行評審人員的服務,為論文及數據間提供更一致的連結、指引及支持服務。Springer Nature的數據出版主管Iain Hrynaszkiewic表示他們希望讓數據分享變得更容易及更一致,使作者發表更好的研究及更容易合符科研經費支持機構的政策。Springer Nature數據政策的制定,事前經過諮詢所有科學領域科研人員,科研經費資助機構及圖書館員42。1.4 生物醫學期刊科研數據政策的功能生物醫學期刊科研數據政策通常是指期刊及(或)其所屬出版機構針對期刊論文稿件的科研數據及材料所制定的管理指引、說明、標準規範及處理流程,其目的是促進科研數據的共享、推進科39 NPG. Promoting research data sharing at Springer Nature[EB/OL]. [2017-02- 06]. http://blogs.nature.com/ofschemesandmemes/2016/07/05/promoting-research- data-sharing-at-springer-nature.40 NPG. Announcement: Where are the data?[J]. Nature, 2016, 537(7619): 138-138.41 Springer Nature. Research Data Policies[EB/OL].(2016)[2017-02-11]. http://www.springernature.com/gp/group/data-policy.42 Springer Nature. Over 600 Springer Nature journals commit to new data sharing policies[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.springernature.com/gp/group/media/press-releases/over-600-springer-nature-journals-commit-to-new-data-sharing-poli-cies/11111248.
161.5 生物醫學期刊科研數據政策的內容框架期刊科研數據政策的內容框架呈現了政策的主要元素及架構。Journal Research Data Policy Bank(JoRD)的研究55指出很多期刊並沒有數據共享政策,而可追蹤的期刊數據共享政策中,其政策內容亦不一致。這樣情況讓作者難以確定是否需要共享其論文的數據,亦不知如何存繳數據。由於缺乏統一的數據共享機制,為方便學術期刊制定和審查數據政策,JoRD從各相關機構收集並分析 現有期刊科研數據政策的質化數據,再進行量化信息比較,構建了《期刊科研數據政策模型框架》(Journal Research Data Policy Model Framework)。模型框架的主要內容包括:1) 數據共享政策的效益說明;2) 制定數據政策的機構名稱;3) 資助製作數據(或數據不同部份)的經費資助機構名稱;4) 存繳及共享數據的義務(強制或建議);5) 存繳數據的類型;6) 格式及範圍(完整或部份);7) 存繳數據的豁免範圍;8) 數據的存繳方式及位置;9) 數據的取用方式;10) 數據的引用格式指引;11) 數據的審查準則;12) 數據的公開時間;13) 數據的隱私及道德保護;14) 取用敏感數據的申請方式及授權指引;15) 數據權益的保護;16) 數據分析方法的說明;17)元數據及作者識別碼的說明;18) 違反期刊科研數據政策的懲處條款。國內也有學者對生物醫學期刊的科研數據政策框架進行研究,如吳蓉、顧立平和劉晶晶56對PLOS ONE、Science、Nature等重要學術期刊的數據共享政策進行了調研並提出了學術期刊科研數據政策分析框架,框架的主要內容包括:1) 提交數據的強制性;2) 提交數據的格式要求;3) 提交數據的方式;4) 數據開放時間及範圍;5)數據審查;6) 數據長期保存;數據知識庫;7) 數據服務;8) 數據的著作權歸屬;9) 數據的使用許可;10) 數據的隱私保護及權利要55 Sturges P, Bamkin M, Anders J etc. Research data sharing: Developing a stakehold-er-driven model for journal policies[J]. Journal of the Association for Information Science and Technology, 2015, 66(12): 2445-2455.56 吳蓉, 顧立平, 劉晶晶. 國外學術期刊科研數據政策的調研與分析[J]. 圖書情報工作, 2015(7): 99-105.
17生物醫學期刊科研數據政策研究求。雷秋雨和馬建玲57從JCR中選取46種進化生物學核心期刊(含生物醫學期刊)的數據出版政策作分析,並擷取出期刊科研數據政策主要內容框架包括:1) 數據類型與數據存繳方式;2) 數據存儲位置;3) 數據發佈與引用數據品質控制;4) 數據格式;5) 數據存繳時間與數據開放性。期刊科研數據政策內容框架可用於比較不同期刊科研數據政策內容元素的差異,本研究將會利用JoRD的《期刊科研數據政策模型框架》作為分析生物醫期刊數據政策內容元素的基礎。2. 生物醫學期刊科研數據政策內容要素分析2.1 生物醫學期刊的取樣與分析生物醫學是集中在人體細胞、器官及系統功能的研究,尤其是理解人類疾病的治療58,生物醫學研究的相關學科包括生物化學、微生物學、藥理學、細胞及分子生物學、解剖學、生理學、傳染病學及神經科學59。根據生物醫學的定義及範圍,本研究在JCR(2015年)的Web of Science的SCIE分類中選取了以下生物醫學相關學科類別作為期刊篩選條件:Anatomy & Morphology(解剖學及形態學)、 Biochemistry & Molecular Biology(生物化學及分子生物學)、 Biology(生物學)、Biotechnology & Applied Microbiology(生物技術及應用微生物學)、Cell Biology(細胞生物學)、Cell & Tissue Engineering(細胞及組識工程)、Genetics & Heredity(遺傳學及遺傳)、Immunology(免疫學)、Infectious Diseases(傳染病學)、 Medicine, General & Internal(一般內科醫學)、Medicine, Research 57 雷秋雨, 馬建玲. 學術期刊數據出版政策研究綜述——以JCR中進化生物學領域期刊為例[J]. 圖書館理論與實踐, 2016(1): 30-34.58 University of Oxford. Biomedical Sciences[EB/OL].[2017-02-02]. https://www.ox.ac.uk/admissions/undergraduate/courses-listing/biomedical-sciences?wssl=1.59 Latrobe University. Biomedical science[EB/OL].[2017-02-02]. http://www.latrobe.edu.au/courses/biomedical-science.
18& Experimental(實驗醫學研究)、Microbiology(微生物學)、 Neurosciences(神經科學)、Oncology(腫瘤學)、Parasitology(寄 生蟲學)、Pathology(病理學)、Pharmacology & Pharmacy(藥理學及藥劑學)、Physiology(生理學)、Toxicology(毒理學)、 Virology(病毒學)。經過前述對生物醫學期刊的篩選後,以JCR中期刊影響因子(Journal Impact Factor,JIF)由大至小排序排列,選取生物醫學期刊中最高影響因子排名前30種期刊,經過上述程序,本研究選取出如表1所示的30種期刊。表1 本研究選取的生物醫學期刊排名 期刊全名 影響因子 排名 期刊全名 影響因子1CA: A Cancer Journal for Clinicians137.578 16 Cell 28.7102New England Journal of Medicine (NEJM)59.558 17 Lancet Oncology 26.5093Nature Reviews Drug Discovery47.120 18Nature Reviews Microbiology24.7274 The Lancet 44.002 19 Immunity 24.0825 Nature Biotechnology 43.113 20Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease23.7586Nature Reviews Immunology39.416 21 Cancer Cell 23.2147Nature Reviews Molecular Cell Biology38.602 22 Cell Stem Cell 22.3878Journal of the American Medical Association (JAMA)37.684 23Annual Review of Biochemistry21.4079 Nature Reviews Genetics 31.616 24Lancet Infectious Diseases21.37210Annual Review of Immunology35.543 25Journal of Clinical Oncology20.982(後續)
19生物醫學期刊科研數據政策研究排名 期刊全名 影響因子 排名 期刊全名 影響因子11 Nature Reviews Cancer 34.244 26Behavioral and Brain Sciences20.41512 Nature Genetics 31.616 27 Cancer Discovery 19.78313 Physiological Reviews 30.924 28British Medical Journal (BMJ)19.69714 Nature Medicine 30.357 29 Nature Immunology 19.38115Nature Reviews Neuroscience29.298 30Nature Reviews Clinical Oncology18.786經過對期刊樣本的出版商分佈情況分析(如圖1所示),本研究發現Nature Publishing Group(NPG)是主要的生物醫學期刊出版商,其次Cell Press、The Lancet及Annual Reviews。圖1 期刊樣本的出版商分佈情況如圖2所示,期刊樣本的影響因子(2015年)主要分佈在20至39.999之間。整體期刊的平均的影響因子是33.672,其中期刊CA: A Cancer Journal for Clinicians的影響因子為137.578,可視為生物醫學領域最具影響力的期刊。Nature Publishing GroupCell PressThe LancetAnnual ReviewsWiley-BlackwellMassachusetts Medical SocietyCambridge University PressBMJ Publishing GroupAmerican Society of Clinical OncologyAmerican Physiological SocietyAmerican Medical AssociationAmerican Association for Cancer Research 期刊樣本的出版商分佈情況 12 4 3 311111111
21生物醫學期刊科研數據政策研究從生物醫學期刊樣本的出版商分析中可以看到(如圖4所 示),Nature Publishing Group(NPG)是主要的生物醫學期刊出版商,其次Cell Press、The Lancet及Annual Reviews。圖4 期刊樣本的出版商分佈情況在30種生物醫學期刊樣本中,有19種期刊(佔總數的63%)除了有所屬的出版商外,還從屬於上級的出版商,從圖5得知,分別為Springer Nature及Elsevier。因此本研究會將上級出版商的期刊科研數據政策納入研究的範圍。圖5 期刊樣本的上級出版商分佈情況2.2 生物醫學期刊科研數據政策的選取在上述已選取期刊出版信息的調研中,本研究發現一些期刊出版商已併入大型出版集團或雙方合組成新公司,如CellPress於Nature Publishing GroupCell PressThe LancetAnnual ReviewsWiley-BlackwellMassachusetts Medical SocietyCambridge University PressBMJ Publishing GroupAmerican Society of Clinical OncologyAmerican Physiological SocietyAmerican Medical AssociationAmerican Association for Cancer Research 期刊樣本的出版商分佈情況 12 4 3 311111111 127 11Springer NatureElsevier沒有所屬的上級出版商期刊樣本的上級出版商分佈情況
221998年與併入Elsevier,成為Elsevier旗下子公司60;2015年Nature PublishingGroup與PalgraveMacmillan、MacmillanEducation及Springer Science+Business Media合組成新出版集團Springer Nature61。 本研究同時發現期刊的科研數據政策除了期刊本身的數據政策外,部份期刊亦同時繼承了其出版商以至上級出版商的期刊科研數據政策的要求。以Nature Medicine期刊為例,期刊本身有其數據政策62,其出版機構Nature Publishing Group63及上級出版商Springer Nature64亦有期刊科研數據政策,所以作者在投稿時必須同時滿足三個層級的期刊科研數據政策。因應此發現,本研究決定從期刊本身的政策、期刊出版商的政策,以及上級出版商的政策三個層級抽取出期刊科研數據政策作為樣本。期刊科研數據政策的抽取準則為:期刊政策的內容中包括數據(data)、材料(materials)、影像(images)、圖像(figures)及圖表(diagrams, graphs and tables)其中一項(或多項)的相關政策及指引皆會被視為期刊科研數據政策。本研究共抽取出100項期刊科研數據政策作為樣本,當中來自期刊本身的數據政策有32項,其餘68項皆來自期刊出版商及期刊上級出版商的數據政策。而68項來自期刊出版商及期刊上級出版商的數據政策樣本中,主要來自5所出版商,依政策數量排序有APS、NPG、Elsevier、Cell Press及Springer Nature(如圖6所示)。60 About Cell Press[EB/OL]. [2017-02-12]. http://www.cell.com/about.61 SPRINGER NATURE created following merger completion[EB/OL]. [2017-02-28]. https://www.springer.com/gp/about-springer/media/press-releases/corporate/springer-nature-created-following-merger-completion/256626.62 Preparing your Submission[EB/OL]. [2017-02-12]. https://www.nature.com/nm/for-authors/preparing-your-submission63 NPG. Availability of data, material and methods[EB/OL]. [2017-02-02]. http://www.nature.com/authors/policies/availability.html.64 Springer Nature. Research Data Policies Types[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.springernature.com/gp/group/data-policy/policy-types.
24像、表格、多媒體檔案(影片、音訊片段等)的格式及製作規範指引,又稱為補充材料(Supplementary Materials)指引及支撐信息(Supporting Information)指引。從圖7可知,大部份生物醫學期刊樣本的數據政策最多集中於補充信息指引,即是指對圖形、影像、表格、多媒體檔案(影片、音訊片段等)的格式及製作規範指引。其次為數據的存繳及共享的政策、數據的隱私及倫理保護、期刊數據的使用許可指引、實驗材料及分析方法的彙報政策。期刊科研數據政策對於數據的權益歸屬並沒有太多的說明。但一般來說,論文的作者、數據的生產者及科研經費資助機構皆擁有數據的權益,所以期刊科研數據政策只關注已在期刊論文發表的數據使用規範。圖7 期刊科研數據政策樣本的類型及分佈情況3. 生物醫學期刊數據政策的內容要素期刊科研數據政策框架可呈現期刊科研數據政策內容脈絡,亦是研究政策核心要素的重要根據。本研究基於Journal Research Data(JoRD)的《期刊科研數據政策模型框架》(Journal Research 補充信息指引數據的存繳及共享的政策數據的隱私及倫理保護政策期刊數據的使用許可指引實驗材料及分析方法的匯報政策數據的評審准則數據的公開及限制指引元數據及標識符的說明數據的引用格式指引 期刊科研數據政策樣本的類型分佈情況 22 13 7 7 6 4 3 32
25生物醫學期刊科研數據政策研究Data Policy Model Framework)65,根據科研數據生命週期及實用主義方法論,對期刊政策中與科研數據相關的內容進行分析,並以合理競替的方法篩選和提煉政策要素。經過對期刊樣本數據政策作內容分析,本研究發現大部份來自期刊本身的政策對於數據處理及管理的規範都是比較零散、不詳細或不清晰,難以作比較分析。因此,本研究選取了數據政策樣本數量最多、來自5所出版商APS、NPG、Elsevier、Cell Press及Springer Nature的數據政策(如圖2所示),作為本研究的調研對像,因為它們的期刊科研數據政策較為完整及清晰,利於作為比較分析。3.1 數據的存繳及共享的義務及範圍大部份生物醫學期刊在數據存繳及數據共享的政策基本上一致,在數據存繳上都規定作者須將特定的論文數據存繳至認可的數據典藏庫以及提供檢索號及(或)數據可獲取聲明,並須不帶有不合理限制條件下提供給讀者。如作者對所提供的材料或信息帶有任何限制,必須在提交時對所有編輯透露,並在論文稿件中公開。涉及個人隱私或生物安全性的數據,必須在論文中註明數據獲取的條件及限制。3.2 存繳數據的類型及存繳方式生物醫學期刊通常規定作者必須將一些特定的數據集提交至學術社群認可的公開的數據典藏庫,如蛋白質序列、去氧核糖核酸及核糖核酸序列、遺傳多態性數據、微陣列數據、大分子結構、小分子晶體等數據必須存繳至指定的數據典藏庫,與此同時亦要在論文稿件中提供數據的檢索號(Accession Number)或DOI。大型的期刊出版商皆有提供指定的數據典藏庫列表,作者可從列表中選擇合適的數據典藏庫。當找不到特定數據類型的公開的數據典藏庫時,65 Sturges P, Bamkin M, Anders J etc. Research data sharing: Developing a stakehold-er-driven model for journal policies[J].Journal of the Association for Information Science and Technology, 2015, 66(12): 2445-2455.
26作者可選擇通用的公開的數據典藏庫,如figshare66及Dryad67。3.3 數據的公開及限制指引大部份期刊都規定論文的科研數據必須在論文線上出版的同時公開。但在論文正式出版前皆會有禁止釋出期,在這期間內作者不可公開論文數據。3.4 數據的隱私及倫理保護政策NPG規定涉及個人隱私或生物安全性的數據,必須在論文中註明數據獲取的條件及限制。若刊登病患照片,必須要有確認知情與同意的聲明,而在數據可獲取聲明中亦需說明非公開數據集的取用條件。若提交的論文稿件及相關數據涉及生物安全爭 議(如:生化武器),有可能威脅生物安全的話,則論文稿件及相關數據需經過評審程式後,由期刊編輯最終決定是否刊登。APS則規定涉及人類及動物的須遵循國家及地區的法律及政策規定,對動物受試者或人體受試者的處理方式不符合相關標準或期刊方針;對於研究方案,必須取得機構的倫理審查委員會(Institutional Review Board,IRB)或實驗動物管理與使用委員會(Institutional Animal Care and Use Committee,IACUC)的批准。必須根據已批准的科學實驗計畫來開展實驗,不得出現偏差。在論文中應附上書面的知情同意書, 表明已取得所有參加調查研究的受試者的同意68。3.5 期刊數據的使用許可指引在數據使用許可方面,期刊科研數據政策主要關注作者使用該期刊數據時要注意的事項,包括用戶必須作出適當的數據引用,66 figshare[EB/OL]. [2017-03-06]. https://f igshare.com/.67 Dryad[EB/OL]. [2017-03-06]. http://datadryad.org/.68 撰寫科技論文時應當瞭解的倫理道德問題[EB/OL]. [2017-02-02]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Ethics-Posters/Ethics-Posters-Chinese-Version.pdf.
27生物醫學期刊科研數據政策研究承認了數據生產者的貢獻,並確保了數據的合理利用。NPG規定論文稿件當中包含的所有材料及相關數據將會無限制地提供給其他科研人員在不侵犯參與者保密性的情況下作非商業用途使用。在使用期刊已出版論文中的內容方面,NPG及Cell Press及APS皆可以授權作者、讀者及協力廠商重製期刊內的材料以作為其他出版品或實體的一部份,這些授權因應其數據使用的目的及範圍作為標準,部份授權可以是免費的,大部份的授權申請可以經由Rightslink®服務 提出。3.6 元數據及數據描述符的說明NPG鼓勵作者在NPG的Scientific Data平臺發表數據描述符(Data Descriptor)以增加其論文中數據集的透明度以及增強數據集的再利用的價值。數據描述符的作用是作為原始(或原創)論文(Primary Paper)的補充,可以在原始論文發表前或後又或發表時同步發佈69。3.7 數據的評審準則在數據的評審準則方面, NPG規定作者必須將支撐數據(Supporting Data)提供給期刊編輯及同行評審人員,以作為論文稿件的評審之用。在同行評審時,作者必須按檢查清單的要求,確保這些要點包含在其論文稿件中。檢查清單的主要內容包括:圖表說明、統計及方法說明、試劑說明、動物模型說明、涉及人類主題的相關信息。一般來說,補充信息只限於直接支持主要結論的數據,但這些數據因論文空間或檔案格式的限制不能被包含於主要論文中。補充信息應被用以呈現論文要點的概念性範圍且不能超越論文的要點70。NPG的上級公司Springer Nature指同行評審人員會檢查論文稿件的數據可獲取聲明(如適用),同時亦應考慮作者是否69 NPG. Availability of data, material and methods[EB/OL]. [2017-02-02]. http://www.nature.com/authors/policies/availability.html.70 NPG. Availability of data, material and methods[EB/OL]. [2017-02-02]. http://www.nature.com/authors/policies/availability.html.
28遵守期刊的科研數據可獲取政策,以及是否已作出合理的努力讓支持研究發現的數據可獲取以使其他科研人員可重製或重用。如有需要,同行評審人員有權要求取得相關數據(或程式碼)以便進行論文稿件評審。在數據可獲取聲明方面,評審人員應考慮以下因素:1) 是否有提供合適的數據可獲取聲明;2) 是否向讀者清晰說明如何取用數據;3) 數據可獲取聲明中是否有提供連結,以及連結是否有效;4) 數據取用是否有限制?取用限制是否保證及恰當;5) 數據的描述位置是否與論文稿件及(或)補充信息檔中的描述一致。在數據檔案方面(若有提供),評審人員應考慮以下因素:1) 數據是否已儲存於最合適的典藏庫中、2) 數據是否在嚴謹及有充分條理的方式下產生、3) 數據及元數據是否與檔案格式及科研社群的彙報標準一致、4) 作者儲存的數據檔案是否完整及是如與論文稿件中的描述一致、5) 數據是否包含可識別個人、敏感或不適當的信 息71。APS規定論文被期刊編刊錄用後將被送至同行評審部門,若作者提供的研究材料及檔案在品質審查過程中被發現任何問題,作者需要在論文正式製作前解決這些問題。當APS團隊滿意論文稿件的材料的品質及組成,則論文稿件的檔案會被送往製作論文72。3.8 數據的引用格式指引在 數 據 的 引 用 格 式 指 引 方 面 , N P G規 定 數 據 引 用 ( d a t a citations)應包含DataCite建議的最小信息(minimum information)及遵循Nature Research的引文格式,如:作者、題名、出版機構(數據典藏庫名稱)、識別碼。數據集的識別碼(包括DOIs) 應以完整URLs表示。Cell Press規定作者須在論文中提供檢索號碼(accession numbers)。數據引用(Data Citation)是數據集或數據資源的表示文字及71 Springer Nature. Data Availability Statements – guidance for authors and editors[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.springernature.com/gp/group/data-policy/data- availability-statements.72 APS. Peer Review Policy[EB/OL]. [2017-03-06]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Peer-Review-Policy.
29生物醫學期刊科研數據政策研究辨識信息,數據引用會出現在論文的參考文獻中,與一般論文及圖書的引用格式相似。NPG規定科研人員除了須將數據提交至學術社群認可的公開的數據典藏庫外,還須在論文稿件中提供數據的永久的識別碼(如DOIs及檢索號(accession number))。已取得數據典藏庫提供的數位物件識別號(Digital Object Identifiers,DOIs)的數據集,可以在參考列表中被引用。數據引用(data citations)應包含DataCite73建議的最小信息(minimum information):及遵循Nature Research的引文格式,如:作者、題名、出版機構(數據典藏庫名稱)、識別號74。數據集的識別碼(包括DOIs)應以完整URLs表示,例子如下75:Hao,Z.,AghaKouchak,A.,Nakhjiri,N. & Farahmand,A. Global Integrated Drought Monitoring and Prediction System (GIDMaPS)Data sets. figshare http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare. 853801(2014)Cell Press建議作者將論文與外部數據典藏庫連結,使讀者可以點選連結至相關的數據典藏庫,以使其對描述的研究更加理解,故規定作者須在論文中提供檢索號碼(accession numbers)。在數據檢索號碼的格式方面,單一檢索號碼:“Database:xxxx”,多個檢索號碼:“Database:xxxx,yyyy,zzzz”(如:“Genbank:NM_000492”;“GEO:GSE6364”;“PDB:1TUP,1KW4,3H5X”)76。3.9 實驗材料及分析方法的彙報政策在數據的分析及彙報說明方面,NPG自2013年5月起要求所有生命科學領域需要外審(external review)論文的作者必須在其論73 DataCite[EB/OL]. [2017-02-07]. https://www.datacite.org/.74 Springer Nature. Research Data Policies Types[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.springernature.com/gp/group/data-policy/policy-types.75 NPG. Data availability statements and data citations policy: guidance for authors[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.nature.com/authors/policies/data/data-availability-statements-data-citations.pdf.76 Cell Press. Information for Authors[EB/OL]. [2017-02-07]. http://www.cell.com/cell/authors.
30文中包含關於實驗及分析設計的指定要點的相關細節77,目的是提高已發表論文的透明度及可重製性。NPG要求作者在論文稿件中包括實驗設計要素的一些相關細節,並提供了《生命科學研究彙報指引》(Reporting Life Sciences Research)78及《生命科學論文匯報檢查清單》(Reporting Checklist For Life Sciences Articles)79,以協助作者確認所需的信息已報彙報。檢查清單的內容包括:1) 實驗設計的彙報:包括樣本的確實規模、收集樣本的描述、在實驗室內實驗被重製次數的聲明、統計方法及測量的定義(如:t-test、P值、中位數、誤差線等);2) 統計的彙報:包括如何選取樣本規模以確保有充足的力量去偵測預先設定的有效規模、剔除分析樣本的準則、隨機決定樣本分組過程的描述、圖形的統計測試解釋是否合理(是否符合假設如常態分佈、在各組數據中是否有變化的預測、各統計比較組別數據間的變化是否相似);3) 試劑的彙報:提供抗體驗證報告(如:Antibodypedia80、1DegreeBio81)、細胞株的識別;4) 動物模型:提供動物的物種、品種、性別、年齡;5) 人類主題:審批研究作業準則的委員會名稱、確認所有主題已取得知會同意的聲明、刊登病患照片需有確認同意的聲明、第二及第三階段隨機控制試驗需提供CONSORT聲明82及檢查清單、腫瘤標識預兆研究需按照REMARK彙報指引83;6) 數據可獲取:提供數據可獲取聲明,內容包括:公開數據集的檢索號或其他識別碼及相關網頁連結、非公開數據集的取用條件、圖形的來源數據、電腦代碼等。此外,統計77 NPG. Reporting Experimental Design[EB/OL]. [2017-02-07]. http://www.nature.com/authors/policies/reporting.pdf.78 NPG. Reporting Life Sciences Research[EB/OL]. [2017-02-07]. http://www.nature.com/authors/policies/reporting.pdf.79 NPG. Reporting Checklist For Life Sciences Articles[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.nature.com/authors/policies/checklist.pdf.80 Antibodypedia[EB/OL]. [2017-03-06]. https://www.antibodypedia.com/.81 1DegreeBio[EB/OL]. [2017-03-06]. http://1degreebio.org/.82 CONSORT Statement[EB/OL]. [2017-03-06]. http://www.consort-statement.org/.83 Mcshane L M, Altman D G, Sauerbrei W etc. REporting recommendations for tumor MARKer prognostic studies (REMARK) [J].Nature Clinical Practice Oncology, 2005, 2(8): 416-422.
31生物醫學期刊科研數據政策研究分析方法在生物醫學研究中非常重要,但很多研究在實驗後才發現統計分析的方法不符合期刊的要求。NPG提供了生物學家的統計指引(Statistics for biologists)84,這個指引集合了生物學家要注意的重要統計問題,並提供了實用的建議,以協助提高生物醫學研究的嚴謹性。APS十分關注研究論文缺乏嚴格的彙報以及研究結果不能被重製,為此,於2016年8月更新了《給作者的信息》(APS Information for Authors)中的幾項指引,亦新增了《論文稿件中實驗細節的彙報》(Experimental Details to Report in Your Manuscript)85的指引,以提升彙報相關實驗信息的透明度,APS亦強烈建議作者根據下列指引彙報實驗材料86:1) 動物實驗:作者需要在準備彙報動物研究的方法及結果時,參照ARRIVE Guidelines Checklist87,尤其要注意提供相關的詳細信息,如:研究所使用動物(如:物種、品種、性別、年齡、動物來源、基因改變狀況、居住環境、飲食等)、研究中使用的控制、所有實驗步驟的精確細節、在研究設計中使主觀偏差減至最小所採取的步驟。2) 抗體的驗證:作者需要提供產生論文數據且具代表性的完整墨點法抗體及其專用的加荷控制。墨點法的線路應被標注以作為非特異性及特異性譜帶的記錄,亦需要指出爆光的時間,以及描述抗體的特異性是如何被驗證。3) 圖形及圖說明中的實驗細節:圖形及圖形說明中所彙報的信息應描述每個獨立呈現的實驗,包括每次處理所使用的樣本及動物。每次實驗所使用的統計應同時彙報,對於統計分析的方法,作者如有需要應諮詢統計分析專家。84 NPG. Statistics for biologists[EB/OL]. [2017-03-06]. http://www.nature.com/collections/qghhqm.85 APS. Experimental Details to Report in Your Manuscript]. [2017-02-06]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Experimental-Details-to-Report.86 APS. Promoting Transparent Reporting in APS Publications to Enhance Data Reproducibility[EB/OL]. [2017-03-06]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Promoting-Transparent-Reporting.87 The ARRIVE Guidelines Checklist[EB/OL]. [2017-03-06]. http://www.nc3rs.org.uk/sites/default/files/documents/Guidelines/NC3Rs ARRIVE Guidelines Checklist %28fillable%29.pdf.
323.10 補充信息指引補充信息(Supplementary Information)、補充材料(Supplementary Materials)及支撐信息(Supporting Information)皆屬於相同概念,其指因論文空間或檔案格式的限制而不能被包含於主文中的數據及其他材料(如:圖形、表格、多媒體檔案(影片、音訊片段等))。補充信息只限於直接支持正文論文要點的概念性範圍,概念上不能超越正文的要點,其目的是創建與主要論文中對象概念關聯,以呈現論文的完貌。Cell Press要求在提交補充材料前,須按照《補充信息指引》(Supplemental Information Guidelines)的要求。《補充信息指引》的目的是解釋在補充信息中數據的範圍,以及創建數據的概念性群組,以整合補充信息與及主要論文的架構。補充信息的目標是創建與主要論文中對象概念關聯,以呈現論文的完貌。數據物件(圖形、表格及影片)應與主文的圖形與表格的概念吻合。補充信息通常只限於直接支持論文主要結論的數據及其他材料,補充信息亦視為主要結論的附加或次要支持。補充信息亦指因正文空間或檔案格式等限制而不能于正文中包含的數據及其他材料(如:圖形、表格、多媒體檔案(影片、音訊片段等))。補充信息的品質及呈現應與正文有同等水準,並遵從同樣的科學標準。若論文發表後在補充信息中發現錯誤,將需要發表更正啟示(就如同正文一樣)。補充信息可包含附加的控制數據(control data)、方法及試劑的驗證、主要數據、非印刷型媒體檔案或大型數據集。亦可包含實驗程式的詳細信息,以及材料的詳細信息,如:寡核苷酸(oligonucleotides)、質粒(plasmids)、菌株(strains)等。Cell Press要求作者確保補充信息物件、圖像說明及段落符合補充信息類型及指引的要求。若以圖形表逹的化學結構,Cell Press建議作者參照International Union of Pure and Applied Chemistry(IUPAC)的建議,在圖形或表格中插入化學結構時,作者須確保化學結構是從分子編輯器程式中以高解晰度檔案匯出,且最終的圖形或表格檔案必須依照《Cell Press數位元影像指引》
33生物醫學期刊科研數據政策研究(Digital Image Guidelines)88的要求。Cell允許作者對數據作有限度的處理,但最終的數據必須準確地反映原始數據,在處理圖像時,必須是針對全圖的變更(如量度、對比度、色彩平衡),在極少有的例子中,圖像是不能變更(如變更顯微鏡圖像的單一色彩頻道)。任何數據的變更都必須在圖表說明(figure legends)及STAR Methods89中清晰陳述。但Cell建議作者應盡力減少數據取得後的處理次數。如有需要,作者必須向期刊編輯提供未經處理的原始數據以作為論文稿件的適當評估。所有被錄用的論文稿件會在發表前,須通過數據發表影像檢測程式90。APS指一些不能以期刊印刷風格出版的材料,如視頻及音訊檔案、大型數據集及難以處理的材料,可以與論文稿件一併提交作同行評審之用,但須經期刊編輯同意。作者應對每個補充材料檔案作說明,解釋檔案的內容及目的。一些可以嵌入論文的材料,如圖形、表格、文字(如:方法及結果)、方程式及其他可以文字編輯、排版並製作成PDF的材料,則不可以作為附件數據提交。這些材料應以標準圖形或表格、或標籤為「支撐信息」(Supporting Information)嵌入論文稿件內提交並作為評審之用。作者需自行編輯其數位音訊及視頻檔案,每個檔案應小於10MB。作者應儘量縮短視頻的播放時間、減小幀的尺寸及解析度以符合推薦的檔案大小。大型數據集應以MS Excel或MS Word表格格式提交,每個表格都要包含說明,解釋每個數據集的內容及目的91。在插圖方面,對論文稿件的分析、重點及評審有作用的任何類型插圖皆可使用。為了便於閱讀,APS建議作者使用「模型」圖形說明假設的生理機制或重要的技術要素。若數據清晰地說明一項重要的生理及(或)技88 Cell Press. Cell Press Digital Image Guidelines[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.cell.com/figureguidelines.89 Cell Press. STAR Methods[EB/OL]. [2017-02-21]. http://www.cell.com/star- methods.90 Cell Press. CELL. Information for Authors[EB/OL]. [ 2017-02-02]. http://www.cell.com/cell/authors.91 APS. Data Supplements[EB/OL]. [2017-03-06]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Data-Supplements.
34術原理,則作者可以重製相關主要的數據。若有需要以彩色傳達重要的科學信息,則作者可以使用彩色圖形。表格有利於總結大量的數據且利於讀者閱讀及組織重要的原理,複雜的表格可以圖片的形式提供,圖片可以縮小以迎合期刊版面92。APS的《圖形準備指引》(PREPARING DIGITAL IMAGES for a scientific paper)93對檔案格式、圖形尺寸、字體及大小、解析度、以色彩表示數據、照片的使用限制都有相關的規定。同時亦要求數據的分組及合併(如裁切圖形或去除凝膠劑及污漬)必須明顯及應在合適的圖形說明中清晰指出。數據的比較只能由比較實驗中產生、獨立的數據不應被利用於多個圖形。若數據被利用多次(倘若同時用單一控制實驗做多次實驗),必須請晰在圖形說明中陳述。如有需要,作者必須向期刊編輯提供未經處理的原始數據以作為論文稿件的適當評估。所有被錄用的論文稿件會在發表前通過數據發表圖像檢測程式。APS亦出版了《科學論文數位影像準備指引》(Preparing Digital Images for a Scientific Paper)94,提供了數位影像調整的指引及最佳實踐。4. 結論與建議4.1 結論4.1.1 期刊科研數據政策的研究與圖書館科研數據服務的研究成互補之勢期刊科研數據政策是科研數據管理的操作手冊,但是期刊科研數據政策的不足之處是零散、欠缺針對數據生命週期的規劃管理。 92 APS. Special Instructions for Physiological Reviews[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Instructions-for-PhysRev.93 APS. Preparing Figures[EB/OL]. [2017-02-06]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Preparing-Figures.94 APS. Preparing Digital Images for a Scientific Paper[EB/OL]. [2017-03-06]. http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Ethics-Posters/Digital-Image-Ethics-Poster.pdf.
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53館藏誤置數據分析及啟示:以澳門大學圖書館為例古康年澳門大學圖書館摘要開架借閱制的圖書館必定會發生館藏被誤置的情況,對於擁有龐大館藏但有限人力資源的高等院校圖書館,如何有效率地把館藏誤置糾正,定必是各高等院校圖書館所面對的課題。本文通過對澳門大學圖書館進行年度普通書讀架時所獲得的館藏誤置資料來進行調查,由此探討澳門大學圖書館的館藏誤置特徵與規律。經過分析和調查後,得知:一、館藏誤置中絕大部分都存在著一定的規律且惡意館藏誤置的數量很少,而且館藏誤置量與借閱率及館藏量往往有著正相關的關係。二、大部分書籍的正確與其錯誤分類號數值範圍都只相差在十位之內,且分類號數值中只錯一位數字的館藏誤置最容易發生。關鍵詞:高校圖書館;亂架;館藏資料;書庫管理A Data Analysis of Mis-shelved Books - The Case of University of Macau Wu Yee Sun LibraryKu Hong NinUniversity of Macau LibraryAbstractMis-shelved books must be occurred in a library that is housed on open shelves. Every academic library which houses large-scale
54collections but with limited human resources must deal with the problem that how to reduce the quantities of mis-shelved books efficiently. Based on the foresaid situation, mis-shelved books’ data was collected from annual shelf-reading project in University of Macau Wu Yee Sun Library and then finding the rules and characteristics from mis-shelved books’ data. Moreover, to analyze and compare four sets of mis-shelved books’ data which was collected from four Macao academic libraries, thus finding the similarity and differences among these four sets of data.In conclusion, there are two suggestions to the foresaid discoveries: (1) To revise the strategy of stack maintenance through the discoveries and rules from mis-shelved data; (2) To establish error table of classification number by using the data of mis-shelved books to optimize stack maintenance.Keywords: Macao Academic libraries, Shelf disorders, Mis-shelved book, Library Collection data, Stack maintenance1. 緒論館藏誤置的問題可透過持續的書庫管理作業來緩解。但對於藏書量巨大的圖書館,開架借閱模式對人力資源需求龐大且維護操作繁複,高效的書庫管理模式在此種環境下顯得十分重要。因此在此種環境下,本文通過對館藏誤置的資料分析結果來提高書庫管理作業的效率,透過資料的集中趨勢和相關規律,研究出館藏誤置集中的部分和錯誤的相關性,讓圖書館工作人員和讀者雙方都能通過分析結果來減少館藏誤置的發生,即一方面減少館藏誤置的輸出,另一方面有系統地把館藏歸回正確位置,從而形成高效的書庫管理模式。本次研究對象為採用美國國會圖書館分類法作為圖書分類法的澳門高校圖書館,其中澳門大學作為澳門地區唯一一所綜合性公立
67館藏誤置數據分析及啟示:以澳門大學圖書館為例圖3-1 各大類館藏誤置數目圖3-2 各主題區域館藏誤置數目9 18715 2811210 116 173 108 50 320 19319 77 489 195 11716 20783 60ABCD E FG H-HG HI-HX J K L M N P Q R S T U V Z總類及圖書館學書籍區哲學、宗教、教育及藝術書籍區語言文學類書籍區科學及醫學類書籍區史地類書籍區工商管理類書籍區法律及公共行政類書籍區69 476 489 546 434 173 478
703.1.1 館藏誤置數量與館藏量的比較與分析如上文所述,為了知道館藏誤置數量與館藏量的關係,以下為各大類及各主題區域之館藏誤置數量與其館藏數量之百分比圖表及各大類館藏誤置數量與館藏數量之散佈圖:圖3-3 各大類館藏誤置數量與其館藏數量之百分比圖3-4 各主題區域之館藏誤置數量與其館藏數量之百分比 0.28% 0.58% 0.42% 0.61% 0.41% 1.09% 0.97%0.26% 0.44% 0.36% 0.68% 0.73% 0.64% 0.46% 0.48% 0.77% 0.94% 1.02% 0.93% 0.55% 0.82% 0.73%A B C D E F GH-HGHJ-HX J K L M N P Q R S T U Y Z 0.60% 0.61% 0.48% 0.86% 0.66%0.26% 0.56%總類及圖書館學書籍區哲學、宗教、教育及藝術書籍區語言文學類書籍區科學及醫學類書籍區史地類書籍區工商管理類書籍區法律及公共行政類書籍區
81館藏誤置數據分析及啟示:以澳門大學圖書館為例紀後的日本文學書籍6。取閱這些書籍的讀者群相信有一部分是大眾讀者,如取閱現代中國及文學類書籍的讀者。至於取閱中國語言學及中國文學的歷史與評論書籍的讀者,則相信是擁有相關學科背景的讀者為多。(2) DS類的館藏誤置數:215項DS類即亞洲歷史類書籍,其館藏誤置數量僅比PL類的館藏誤置數量少5項。在澳大圖書館中的DS類館藏中,圖書館主要收藏了中國歷史的書籍。由館藏誤置報告中可知,DS類的館藏誤置主要集中在700至799即中國歷史的書籍,當中又以分類號DS770至DS779及分類號DS741至DS757為集中的館藏誤置部分。分類號DS770至DS779是關於中國清末至現代的中國歷史書籍,而分類號DS741至DS757則是關於中國古代至清朝的中國歷史書籍7。由此可知,基本上整個以時代劃分的中國歷史都受讀者喜愛。至於取閱此等書籍的讀者,相信是大眾讀者為多,因為整個DS類書籍在2016年中的借閱次數超過4,200次,只有在大眾讀者的借閱下才能有這樣高的借閱量。(3) LB類的館藏誤置數:137項LB類即教育理論與實踐類書籍的館藏誤置數為第三多。在澳大圖書館中的LB類館藏中,圖書館對LB類中各分類號的書籍都按需求收藏。由館藏誤置報告可知,分類號LB1025至LB1050、分類號LB1139至LB1185及分類號LB1500至LB1700為集中的館藏誤置部分。分類號LB1025至LB1050是關於教學原理及教學實踐的書籍,而分類號LB1139至LB1185是關於幼年教育、學前教育及幼稚園 教育的書籍,再者分類號LB1500至LB1700是關於中小學教育的書6 Library of Congress Classification PDF Files [EB/OL],2017-07-17,https://www.loc.gov/aba/publications/FreeLCC/PL-PM-text.pdf.7 Library of Congress Classification PDF Files [EB/OL],2017-07-17,https://www.loc.gov/aba/publications/FreeLCC/DS-DX-text.pdf.
82籍8。澳門大學教育學院設有中學教育專業、小學教育專業及學前教育專業,而這些專業剛好與上述分類號代表之學科一一對應,因此相信此類書籍主要由就讀相關學科的讀者為多。(4) K類的館藏誤置數:125項上述之K類不是指整個K大類而是指K大類中的分支K即關於法律總論的書籍。在澳大圖書館中的K類館藏中,圖書館對K類中各分類號的書籍也都是按需求收藏,當中主要以中文及葡文書籍居多。由館藏報告可知,K類之館藏誤置在分類號K的1至5,000的每千位區間中誤置數據相若。當中分類號K3820至K3835及分類號K2201至K2300為集中的館藏誤置部分。而這兩部分都是關於比較法及國際統一法公約的書籍。由此可知,取閱此等書籍的讀者大部分是澳門大學法學院的讀者或擁有相關學科背景的讀者。4.2 館藏誤置中各狀況資料之分佈經重複檢核後,所有狀況之記錄皆正確及沒有遺漏的情況出現。以下為各狀況之數量分佈表格:表5-1 館藏誤置中各狀況之數量分佈狀況簡要釋義 狀況代號 各狀況出現次數分類號數字層面上沒有確切關係 狀況0 289分類號英文字母錯誤 狀況1 158分類號整數部分出現一位數位錯誤 狀況2 1049分類號整數部分出現兩位數位錯誤 狀況3 418分類號小數部分出現錯誤 狀況4 321分類號小數部分出現漏讀 狀況5 422分類號整數部分出現調轉 狀況6 57總館藏誤置數:2,6658 Library of Congress Classification PDF Files [EB/OL],2017-07-17,https://www.loc.gov/aba/publications/FreeLCC/L-outline.pdf.
98後,由於本次研究只涉及分類號的館藏誤置,若需要全面研究館藏誤置的規律及集中程度,應除讀架書籍之分類號外,還需要把書籍的書次號及年代號進行讀架並記錄來製作館藏之索書號錯誤表,以全面揭示館藏誤置的情況。參考文獻[1] Abdus Sattar Chaudhry, Saleh Ashoor. Comprehensive Materials Availability Studies in Academic Libraries[J]. Journal of Academic Librarianship, 1994, 20(5-6): 300-305.[2] About Universal Decimal Classification (UDC)[EB/OL]. 2017-07-17. http://www.udcc.org/index.php/site/page?view=about.[3] Cataloging Policies and Procedures. Classification Manual[EB/OL]. https://library.umac.mo/html/services/catalog/internal_cat/Classification_manual.pdf.[4] Dennis K. Lambert, Winston Atkins, Douglas A. Litts, Lorraine H. Olley. Guide to Review of Library Collections[M]. Chicago: American Library Association, 2002.[5] Fundamentals of Library of Congress Classification. Trainee Manual[EB/OL]. http://www.loc.gov/catworkshop/courses/fundamentalslcc/.[6] Gbade A. Alabi. Book Availability and Performance Measure in an Academic Library: The Case of the Walter Sisulu University (WSU) Library, Mthatha Campus[J]. Library Philosophy and Practice, 2011(1): 1-10.[7] Hongmei Liu, Jay Parker, Wei Sun. Estimating rates at which books are mis-shelved[J]. Chance, 2011, 24(1): 36-43.[8] Introduction to the Dewey Decimal Classification[EB/OL]. 2017-07-17. http://www.oclc.org/content/dam/oclc/dewey/versions/print/intro.pdf.[9] Jan S. Sung, John A. Whisler, Nackil Sung. A Cost-Benefit Analysis of a Collections Inventory Project: A Statistical Analysis of Inventory Data from a Medium-sized Academic Library[J]. The Journal of Academic Librarianship, 2009, 35(4): 315-323.[10] Judith M. Nixon. The Right Book on the Right Shelf: Missing and Misshelved Books-How Barcode Scanning Inventories Can Solve the Patrons’ Dilemma[J]. Collection Management, 2009, 34(4): 276-284.
99館藏誤置數據分析及啟示:以澳門大學圖書館為例[11] Library of Congress Classification PDF Files [EB/OL], 2017-07-17, https://www.loc.gov/aba/publications/FreeLCC/PL-PM-text.pdf.[12] Library of Congress Classification PDF Files [EB/OL], 2017-07-17, https://www.loc.gov/aba/publications/FreeLCC/DS-DX-text.pdf.[13] Library of Congress Classification PDF Files [EB/OL], 2017-07-17, https://www.loc.gov/aba/publications/FreeLCC/L-outline.pdf.[14] Library of Congress Classification[EB/OL]. 2017-07-17. https://www.loc.gov/catdir/cpso/lcc.html.[15] Robert N. Broadus. Evaluation of Academic Library Collections: A Survey of Recent Literature[J]. Library Acquisitions: Practice and Theory, 1977(1): 149-155.[16] UDC Structure & Tables[EB/OL]. 2017-07-17. http://www.udcc.org/index.php/site/page?view=about_structure.[17] William J. Hubbard. Stack Management[M]. Chicago: American Library Association, 1981.[18] 王酉梅. 開架借閱在世界的普遍發展及其原因[J]. 圖書館工作與研究, 1983(4): 44-47.[19] 澳大簡介[EB/OL].2017-07-17. http://www.umac.mo/zh-hant/about-um/introduction/about-the-university-of-macau.html.[20] 關於圖書館[EB/OL].2017-07-17. http://library.umac.mo/html/lib_info/about_library_c.html。[21] 胡兆芹. 基於統計學的圖書亂架率標準的制定[J]. 圖書館論壇, 2010, 30(5): 112-114.[22] 劉軍. 良好資訊素質的培養: 防止亂架的良策[J]. 河南圖書館學刊, 2008, 28(3): 87-88.[23] 耿相紅. 書庫亂架錯架的讀者心理及對策[J]. 河南圖書館學刊, 2013, 33(12): 60-61.[24] 張紹平. 高校圖書館在開架借閱中的亂架現象及對策[J]. 科技情報開發與經濟, 2004, 14(6): 64-65.[25] 王瑛. 我館開架借閱中防止圖書錯架的做法 [J ] . 圖書情報論壇 , 2000(3): 35-35.[26] 寇宏. 採用“架位號”法解決圖書亂架問題的探討[J]. 教育教學論壇, 2016(9): 145-146.[27] 周清華. 計算器管理下的開架書庫亂架分析與對策[J]. 農業圖書情報學刊, 2004, 15(7): 45-47.
103澳門公共圖書館館員形象之研究梁偉華澳門檔案館摘要本研究旨在從澳門公共圖書館的館員與社會大眾兩個面向,瞭解其對館員形象的認知與評價,為了進一步探討影響館員形象的因素,本研究編制兩份問卷“澳門公共圖書館館員形象調查問卷——館員版”與“澳門公共圖書館館員形象調查問卷——公眾版”作為研究工具,透過網絡問卷向澳門公共圖書館的館員及社會大眾進行網絡問卷調查,以收集數據作數據統計與分析。關鍵詞:圖書館員形象;公共圖書館A study on the image of public librarian in MacaoLeong Wai WaThe Archives of MacaoAbstractThis study aims to understand the public librarian in Macao and local residents’s perception and evaluation of public librarians. To collect data for statistics and analysis, an “Image of Public Librarian in Macao Questionnaire - Librarian Edition” and “Image of Public Librarian in Macao Questionnaire - Public Edition” was self-designed as a study tool to study public librarian and the residents in Macao via the internet. Keywords: Librarian image, Public library
167澳門高等院校機構典藏的發展研究李仲明澳門大學圖書館中文摘要機構典藏是以系統方式整理及完善地保存機構的學術成果的系統平台,機構典藏系統能反映機構的學術成果及將學術成果曝光,提高學術影響力及機構知名度,是學術機構不可或缺的學術資料保存平台。本研究向澳門10所高校圖書館作出調查,結果有7間作出回覆及接受了訪談,經過分析,最後建議各校以學者庫的形式顯示,從多角度展示學者的研究能力及過去的研究歷程,並向澳門特別行政區政府提出規劃的建議。關鍵詞:機構典藏;澳門圖書館A Study on the Prospective and Development of Institutional Repository in MacaoLei Chong MingUniversity of Macau LibraryAbstractInstitutional repository (IR) is a platform for organizing and preserving institutional achievements in a systematic way. Institutional repository system can reflect the organization of academic achievements, and academic results exposure, thereby enhancing the academic influence and institutional awareness. The study conducted a survey of 10 academic libraries in Macao, with 7 replies. After the analysis of the result of questionnaire, the report suggest the institutions should build
168up an institution repository under the guide of Macau government. Final, the paper also provide a proposal to develop the IR in higher academic institute. Key words: institutional repository; Macao libraries前言本文主要說明澳門地區高校在發展機構典藏的進程,並以SWOT的方法進行分析,最後從澳門大學建置機構典藏的經驗對澳門特別行政區政府及本地高校建置機構典藏發展的作出建議。1. 澳門高校圖書館建置機構典藏的概況本研究以目前澳門10所高等院校圖書館為對象,並設計了一份問卷訪問受訪單位,最後澳門管理學院、中西創新學院及澳門保安部隊高等學校等三所沒有回應本問卷,以下為本次調研的概況內容。1.1 各高校機構典藏建置情況1.1.1 澳門大學為最早及唯一在澳門建置機構典藏的機構,該校於1981年成立,目前教研人員有843名,2010年7月6日的教務會議上宣布要建立大學機構典藏計劃,由圖書館主導,主要負責對機構典藏整個系統架構的設計及以後系統內容的維護;而研究及發展事務辦公室為輔共同建設,負責推動學校教職員就科研成果及研究產出的內容提交工作。並選取了以Dspace系統軟件作為澳門大學機構典藏的系統平台。以電子的方式收集、保存、展示和傳播大學的學術產出,系統分為三層:學院、學院系所、子系所。
173澳門高等院校機構典藏的發展研究圖6 澳大教師和科研相關的系統分析圖因此,除了進行科研工作統一管理,取代多個現有零散系統和解決分散型錄入的問題外,一套完整的科研管理系統還應當是揭示學者的學術影響力指標、學術傳播與交流情況、科研數據和一站式檢索。但可惜目前這四項功能和內容在大學現有系統中均不能提供,恰恰這些內容在科研評價工作中起到非常重要的作用。1. 學術影響力指標。通過API與Web of Science,Scoups數據庫對接,取得學者的影響力數據和文章的被引情況。從而反映出該學者或文章在某一學術領域的處於何種地位。2. 學術傳播與交流情況。這反映了學者的合作發文情況,通過合作發文情況,找到合作者的研究領域,從而一層一層的研究下去,得知某一主題最新的研究進展和該主題的研究者。3. 科研數據。這裹的科研數據主要指的是在科研進行的過程中,產生的很多實驗數據和過程數據,這些數據往往沒有最終被寫入文章中得以發表,但這些數據在另一些類似的研究Scholar Apply for Fund management systemScholar Input data Data BridgeSearchViewBrowseUserRe-organizemetadataLibraryUpdateScholarScholar’s webpageprofile at faultywebsiteAPDBUMIR
1842.2 弱項 (W)如高校欲自建典藏庫,涵蓋軟件選擇、評估,系統用戶接口的客制化,系統資源管理等可是目前各高校資源的不足,此等問題都需要負責的圖書館員對目前常見的機構典藏系統有所認識,並衡量自身機構擁有的相關資源,瞭解其機構典藏系統需要具備的功能需求才可作出判斷。高校中目前只有公立澳門大學圖書館及私立的澳門科技大學圖書館有專業IT圖書館員負責圖書館系統及館內IT服務。而其他高校圖書館的系統維護等工作均由校內的計算機部負責。另外在典藏數據的徵集方面亦需要學科館員的長期參與,他們的角色主要是與各系所的聯絡人及直接溝通者,尤其在機構典藏開展初期,徵集的資料在導入時往往有很多問題,此時訓練有素的學科館員需要直接解答各種疑問及起倡導作用,往後亦會繼續追踪系所的研究工作,以確保研究成果被納入機構典藏系統。此等專業及繁重的工作對高校圖書館目前的人資構成相當的壓力,在調研中各高校亦認同此問題亦是他們未能主動推動自身進行機構典藏的 阻力。2.3 機遇 (O)當初很多應用系統是需要付費的,引致在發展機構典藏時面對系統購置、技術投入等預算壓力。如今很多系統以開放源代碼的方式供免費使用,當中如「當前科研信息系統(Current Research Information System, CRIS)」,CRIS是用來存取和傳播科研信息的工具,內容包括學者、項目、機構、成果(出版物、專利、產品)、設備和器材等。“EuroCRIS”,維基百科(2012年11月)CRIS是個整合性的新型的科研信息系統,是基於對數據進行“一次存儲,反複使用”的理念設計的。它的開發理念是致力改善目前分散的模式管理學術活動狀態,CRIS是一個中央性的數據庫,亦是一個工作工具。建置後,可處理諸如申請研究資金,開發和提交項目申請等這些科研活動,相關資料會立刻被收集和存儲起來,並且可以永久追溯。此類免費資源的出現,可令典藏建置軟件方面的成本降低,並由於是開源的資源,同行有很多的使用經驗可分享,對剛起步建
187澳門高等院校機構典藏的發展研究機構或高校的研究成果,提高機構或高校的能見度以及研究作品的被引用率。本澳高校在推動機構典藏的工作時無可避免需要面對作者就著作權提出的問題,而目前澳門大學在相關方面的做法是向作者取得授權才將之收錄並公開。老師或研究者若對著作權問題心存疑慮,必影響對機構典藏的態度和積極性,故主事機構需事先針對此問題作出法律責任的釐清及準備相應的處理方法。3. 對本地機構典藏發展的展望3.1 對澳門大學機構典藏的發展建議香港大學及香港科技大學的機構典藏庫系統都在發展的過程中進行了變革及功能上的提升,系統平台不僅呈現學者的研究成果、個人成就、科研數據、研究資助申請情況等,可說與科研工作有關的活動都一一被納入,當中資料將來更可成為晉升的指引。此種以學者為主要視角的展示方式,被稱為“學術庫”或 “學者庫”。而在台灣地的機構典藏庫建置中亦見有此種變革,台灣大學在傳統機構知識庫的基礎上,創建了以學者為中心的機構學術信息系統。該系統提供兩種方式幫助學者完善個人著作管理,即數據匯入與ORCID接入,通過這種技術手段,機構學術信息系統提高了圖書館員與高校教授、研究人員和教師們合作,從而增強學者在機構知識庫建設方面的參與度。該學者庫與機構典藏系統的最大不同是,將展示的重心從學術出版物轉移到學者,更好的突出了學者的影響力。在澳門大學機構典藏建置時,也有要求改善當前典藏庫系統展示平台的聲音,而要求改善的方向亦趨近於“學術庫”或“學者庫”的模式。經過瞭解鄰近圖書館一站式科研系統的運用情況,以及當前機構典藏的發展趨勢,認為當前科研信息系統(Current Research Information System,CRIS)可以很好的解決本校科研系統分散等問題。
188當前科研信息系統(CRIS)這個整合性的新型的科研信息系統,是基於對數據進行“一次存儲,反複使用”的理念建設的。它的開發理念是致力於改善分散的模式管理學術活動的信息這一現狀。這導致各種數據目錄的質量參差不齊,有時候格式還不兼容,資料被重複收集,而且經常需要手動處理才能進一步使用。在未來,來自不同數據庫和其他數字信息資源(比如文獻管理軟件)的有關科研項目、出版物、專利、博士資格、會議、學術委員會和其他學術活動的信息都將被結構性地整合到一起,並且在最新科研信息系統內相互連接起來。當前科研信息系統(CRIS)的另外一個目標是將以前沒有數字化存儲(或數字化存儲度不高)的相關資料收集起來。今後,當前科研信息系統不僅會是一個中央性的數據庫,也會被當成一個工作工具進行使用。諸如申請外部資金,開發和提交項目申請等這些科研活動,相關資料會立刻被收集和存儲起來,並且可以永久 追溯。圖6.1 當前科研信息系統(Current Research Information System,CRIS)的運作流程 ScholarInput dataScholar’s pageIncludes impact factorPublicationsAPDBIRFaculty’s scholarFund / Grant managementData setsScholar’s communicationDiscoveryPromotion or Evaluation (HR)CRIS
197澳門高等院校機構典藏的發展研究[12] 黃國彬. 著作權例外與圖書館可適用的著作權例外[M]. 北京: 知識產權出版社, 2011.[13] Knowledge management[EB/OL]., 2017(2017). https://www.apqc.org/knowledge-management.[14] National Library of New Zealand Te Puna Matauranga o Aotearoa[EB/OL].(2017). http://nzresearch.org.nz/about.[15] National Institute of Informatics. NII Institutional Repositories DataBase Contents Analysis[EB/OL].(2017). http://irdb.nii.ac.jp/analysis/index_e.php.[16] CROWR. The case for institutional repositories: A SPARC position paper.[EB/OL].(2002).附錄:澳門高校機構典藏庫發展現狀調查問卷您好!我是武漢大學圖書館學的一名碩士研究生,為了瞭解澳門高校機構典藏庫(IR)的建設和發展現狀,開展澳門高校機構典藏庫發展策略的課題研究,進行本次調查。我需要通過您瞭解有關IR的基本情況及建設現狀,以找出IR建設過程中的問題和解決策略等。本問卷所有數據僅供學術分析之用,沒有對錯之分,請您放心填寫,我承諾予以保密和妥善保管!您的答案將對本研究有重要的參考價值。衷心感謝您在百忙之中抽出寶貴時間給予我支持!請 您 將 符 合 的 選 項 的 字 母 序 號 填 入 相 應 的 的 括 號 內 , 或在“_____”處填寫適當的內容。貴校的發展方針為何?A. 以教學為主 B. 教學與科研並重 C. 偏重科研和學術產出 D. 其他 : __________貴校現時是否已經建立機構典藏庫?(若選擇A,請繼續回答第一部分題目。若選擇B,請回答第二部分題目。) A. 否 B. 是
199澳門高等院校機構典藏的發展研究3.5 IR建設的意識薄弱,不瞭解IR的重要性。您的機構將如何提高工作人員的IR建設意識? □ 請同行提供IR講座 □ 外出參加IR相關會議 □ 參訪同行IR成功案例 □ 其他 : __________第二部分如果已經建立,所建立的IR名稱:______________________________ 您在貴校中的職稱是:________________________________________ 您的聯繫電話:_____________ 您的電子郵箱:__________________ 1. 貴校在IR建設過程中採取了甚麼宣傳方式? (可多選) ( ) A. 講座 B. 展覽 C. 網站專題 D. 網頁連結 E. 其他 : __________ 2. 貴校在IR建置過程中,是否有專門的人員來負責IR? (單選) ( )A. 是 B. 否3. 貴校構建IR的系統工具其主要解決方案是甚麼? (單選) ( ) A. 專用系統,是IR研究項目的成果; B. 開放源碼和免費的系統,如DSpace等; C. 商業系統,如Digital Commons等; D. 混合型的系統,如Vital; E. 自主研發系統; F. 其他 : __________
228料庫及附贈15個資料庫使用權,以供本聯盟師生使用。14個資料庫包括:「萬方期刊庫﹙中國數字化期刊)」、「萬方博碩士論文庫(中國學位論文數據庫)」、「Academic Search Complete」、「Business Source Complete」、「中文電子期刊服務﹙CEPS﹚」、「中文電子學位論文服務(CETD)」、 「ProQuest Central」、「ProQuest Dissertations & Theses Global (Full Text)」、「University of California Press Journals on JSTOR」、「University of Chicago Press Journals on JSTOR」、「PsycBooks」、「PsycARTICLES」、讀秀中文學術搜索、慧科新聞。附贈15個資料庫包括:「American Doctoral Dissertations」、「Art & Architecture Complete」、「Computers & Applied Sciences Complete」、「Education Research Complete」、「ERIC」、「GreenFILE」、「Humanities International Complete」、「Legal Collection」、「Library, Information Science & Technology Abstracts」、「Library, Information Science & Technology Abstracts with Full Text」、「MAS Ultra-School Edition」、「Military & Government Collection」、「Newspaper Source」、「Regional Business News」、「Teacher Reference Center」。2016年14個資料庫及附贈15個資料庫使用總數為9,510,855次,與2015年14個資料庫使用總數為5,185,193次相比上升83%。2016年每次檢索成本約澳門幣1.05元,與2015年每次檢索成本約澳門幣1.85元相比下降45%。2016年14個資料庫使用情況:萬方、華藝、ProQuest相對上升;EBSCO有輕微下降;讀秀使用情況有明顯上升;慧科有明顯下降的情況(下降了7成使用量);其他資料庫都比較平均。另外,各館使用MALA資料庫所佔比例,澳門科技大學為43%,澳門大學為24.5%,澳門理工學院為13%,而其他館相對使用量就較少,希望鼓勵各院校多使用或推廣資料庫,澳大圖書館今年亦會與供應商溝通希望多點推廣使用活動,從而令資料庫使用量有所提升。
230名稱 「澳門高校圖書館聯盟專業講座系列」第四講主題 確立圖書館服務平台新定義主講嘉賓 Mr. Neil Block,EBSCO Open Source創新副總裁日期 2016年10月13日 (星期四)時間 下午四時地點 澳門大學展館(E1) 演講廳名稱 「澳門高校圖書館聯盟專業講座系列」第三講主題 中外合作建校 ─ 學術圖書館的定位:以溫州肯恩大學為例主講嘉賓 Mr. Charles J Greenberg溫州肯恩大學圖書館的首任館長日期 2016年8月3日 (星期三)時間 下午四時半地點 澳門大學伍宜孫圖書館
232書館管理廳承辦,第十一次中文文獻資源共建共享合作會議Conference on Cooperative Development and Sharing of Chinese Resources(CCDSCR),該會議是以中文文獻資源為紐帶,聯繫世界各地收藏中文文獻資源的圖書館或資訊機構,促進彼此合作交流的國際會議。會議旨在通過各項合作項目,逐步實現中文文獻資源共建共享。是次會議主題為後數碼時代-中文文獻資源的合作、利用與推廣,本聯盟代表並在會上發言,題目為澳門高校圖書館數字資源共享及專題庫建設概況,藉此宣傳聯盟的工作,這是一個對外宣傳聯盟的機會。http://www.library.gov.mo/zh-hant/ccdscr2016/programme/itinerary2●� 中國高校圖書館考察為瞭解中國內地高校圖書館的運作體系,認識中國藏書樓及圖書館古籍部門如何管理古籍及保護古籍,由澳門九所高等院校圖書館組成的澳門高校圖書館聯盟,在澳門高等教育輔助辦公室的支持下,透過澳門圖書館暨資訊管理協會承辦,在11月21日至11月25日組織了一行17人的代表團,前往上海、杭州及寧波等地展開為期五天的考察調研之旅。並由澳門圖書館暨資訊管理協會王國強理事長帶領,沿途分享參訪單位的管理經驗及對比澳門高校圖書館的發展,考察單位包括上海的蒲東圖書館、徐家匯天主堂藏書樓、上海博物館文保中心、復旦大學圖書館古籍部、湖州的嘉業堂藏書樓、浙江大學圖書館古籍部、浙江圖書館古籍館、文瀾閣、浙江省出版集團、寧波大學圖書館,以天一閣博物館及阿里巴巴杭州園區等12個單位,14個圖書館。本次訪問,印象最深刻的是參訪復旦大學中華古籍保護研究院,楊光輝博士在介紹研究院工作時談及到古籍保護上並不只是修復,如何預防及延長古籍壽命也是十分重要的。紙本圖書之保存及及時修復仍是我們需加關注的地方。浙江大學